Saison 3

G.I. Joe joue le rôle du Corps de la Paix aidant un village pauvre, lorsqu’ils rencontrent le journaliste/cameraman Leonard Michaels alias Scoop qui rejoint les Joes. Cobra attaque un monastère pour obtenir le secret du Dragonfire, une énergie mystérieuse dans la terre. Destro abandonne la baronne pour Zarana, de sorte que la baronne complote avec Gnawgahyde pour ramener le commandant Cobra à la forme humaine pour se venger. Scoop se révèle être un commandant de la Garde Crimson espionnant GI Joe...

Cobra a une carte montrant les emplacements de Dragonfire dans le monde entier, et les Joes et Cobra se battent pour l’un des endroits dans une montagne. Baroness et Gnawgahyde utilisent le Dragonfire pour convertir le Commandant Cobra en forme humaine. Les Joes parviennent à entrer dans la base de la montagne, mais sont inondés...

L’emplacement suivant est un temple de la jungle en Amérique du Sud, et il y a trois factions : Serpentor, les Joes et le commandant Cobra. Scoop découvre qu’il a été trompé pour rejoindre Cobra et se retourne contre eux. Mais les Joes découvrent qu’il est un Cobra. Cobra Commander utilise le Dragonfire pour transformer les singes en Ape Warriors qui attaquent les...

Scoop retourne à Cobra pour essayer de les vaincre. Gnawgahyde vole un Conquests et fait exploser les Joes. Cobra Commander commence à fusionner les animaux avec des véhicules et crée la patrouille de Python. Serpentor est vaincu et fusionné avec l’iguane domestique de Gnogahide. Les Joes retournent à la base tandis que Low Light reste derrière. Destro largue Zarana pour la baronne...

L’emplacement final est une mesa. Cobra relie toutes les bases de Dragonfire ensemble par le biais de leur satellite pour créer une arme d’énergie et de surcharger leurs véhicules avec l’énergie de Dragonfire. Enfin, les Joes ont leur propre Dragonfire après que Freedom trouve un Amérindien qui sait comment l’activer. Scoops envoie aux Joes la fréquence pour désactiver le Dragonfire de Cobra et provoque une réaction en chaîne qui détruit toutes les bases du Dragonfire de Cobra.

Le commandant de Cobra menace de libérer un gaz mental mortel sur le monde à moins qu’ils ne se rendent à Cobra...

Low Light affronte des êtres surnaturels, tandis que le Night Creeper Leader prévoit de regagner la faveur du commandant Cobra...

Metal Heads Grand-mère vient visiter, qui croit qu’il est le chef de Cobra, beaucoup à Cobra Commandants dégoût...

Les Joes sont en vacances à Volcania, également connu sous le nom de 'Club Joe', également sur l’île de Volcania est le général Hawk, qui a été réaffecté parce que ses supérieurs croient qu’il est trop vieux. Cobra lance une attaque sur Volcania et prend le contrôle de l’île, Destro a créé de nouvelles armes avec lesquelles le commandant Cobra menace le monde. Quand ils ne répondent pas à ses demandes, le commandant Cobra se fâche et tire sur le pont de la rivière Californie...

Les Nations Unies ne croient pas que le commandant de Cobra a vraiment détruit le pont, et envoie une flotte à Volcania. Le général Hawk sauve les Joes et ils attaquent le centre de commandement Cobra caché dans le volcan, le centre de commandement est détruit et prend l’arme spatiale Destros avec elle. Le commandant Cobra et ses troupes poursuivent les Joes jusqu’à l’arrivée des renforts et de la flotte de l’ONU, permettant aux Joes de remporter une nouvelle victoire.

Cobra prévoit de détruire la couche d’ozone et de faire acheter aux gens une nouvelle lotion solaire mortelle...

Les Joes jouent un match de football contre Cobra, avec Sgt.Slaughter comme le ballon...

Cobra et les Joes s’affrontent pour récupérer un satellite qui descend dans l’arctique après que Cobra ait tenté de détruire les satellites du monde...

Cobra Commander se déguise en un nouveau super-héros nommé Serpent Man dans un effort pour humilier G.I Joe...

Lorsque G.I Joe est dit qu’ils dépassent le financement du gouvernement, ils doivent se présenter au terrain d’essai de The Battle World pour apprendre à lutter efficacement contre les coûts sous la supervision du Dr.Carday qui est secrètement Zarana déguisée. Pendant ce temps, le commandant Cobra prévoit de voler une nouvelle arme nommée 'The General'...

Low Light affronte des êtres surnaturels, tandis que le Night Creeper Leader prévoit de regagner la faveur du commandant Cobra...

Cobra Commander tente de faire une percée dans le monde du stand up comedy en se faisant passer pour un comédien célèbre tout en planifiant un piège pour les Joes...

Ambush trouve son amour perdu Evy, seulement pour découvrir qu’elle a maintenant rejoint Cobra...

Pathfinder, Ambush et Topside infiltrent un camp d’entraînement de Cobra quand Cobra semble soudainement connaître chacun de leurs mouvements...

Le commandant Cobra, Destro et Metal Head se laissent emprisonner à Alcatraz afin de pouvoir accéder à une arme très puissante sur le sous-marin Comstock Lode à l’extérieur de la prison...

Les Cobras s’échappent d’Alcatraz et se préparent à utiliser leur nouvelle arme pour conquérir le monde, maintenant GI Joe doit arrêter leur plan le plus sournois encore...

Duke est capturé par Gnawgahyde qui utilise un appareil appelé le Mind Mangler pour essayer de pénétrer dans le cerveau de Dukes, mais une fille nommée Megan aide Duke à s’échapper, peu sait-il que Megan est vraiment une Zarana déguisée qui prévoit de voler les secrets de GI Joes...

Destro crée un super ordinateur nommé BIOK, qui s’infiltre dans tous les systèmes informatiques du monde, mais bientôt BIOK se tourne vers eux et a ses propres plans pour prendre le contrôle du monde...

Après une bataille, Cobra Commander et Pathfinder se perdent dans la jungle avec un gorille enragé à leur poursuite...