Saison 6

Le capitaine Janeway veut capturer le capitain Ransom à tout prix, alors que l'USS Voyager est attaqué par des aliens et que le docteur et Seven of Nine sont retenus à bord de l'Equinox.

Seven of Nine est confrontée à son passé. Elle découvre qu'elle est responsable de l'assimilation de trois Borgs, qui veulent récupérer leur identité.

B'Elanna frôle la mort à bord du vaisseau fantôme klingon, qui transporte les âmes déshonorées à Grethnor. Au péril de sa vie, elle décide d'y retourner pour sauver l'âme de sa mère.

Le docteur expérimente un nouveau programme lui permettant de rêver éveillé. Lorsqu'un espion extra−terrestre surgit dans une de ses visions, il les confond avec la réalité.

Tom Paris persuade Chakotay d'acheter une navette venant d'un dépotoir. Pendant la réparation, la navette, nommé « Alice », commence à prendre le contrôle de l'esprit de Tom.

Tuvok est attaqué par une source d'énergie qui provoque des dommages dans son cerveau. Il commence alors à éprouver des émotions qu'il n'avait jamais ressenties auparavant.

L'USS Voyager est assiégé par les Turrei et trouve refuge à proximité d'une planète inconnue. Le capitaine Janeway cherche alors à conclure une alliance avec les Vaadwaur, les habitants de cette planète. Mais elle réalise bientôt que ces derniers pourraient être encore plus dangereux que les Turrei.

L'USS Voyager est suivie par une sonde qui a disparu alors qu'elle se rendait sur Mars.. au XXIe siècle.

L'équipage découvre une race d'extra-terrestres possédant une technologie qui permettrait de rentrer sur Terre plus rapidement.

Le lieutenant Reginald Barclay s'obstine à trouver un moyen de communiquer avec le Voyager, perdu dans le Quadrant Delta. C'est ainsi qu'il crée un micro-vortex artificiel.

L'équipage profite du tout nouveau holoprogramme créé par Tom, qui les projette dans un petit village irlandais appelé Fair Haven. Le capitaine Janeway en pince d'ailleurs pour un des personnages virtuels.

L'USS Voyager se retrouve en orbite autour d'une planète où le temps s'écoule plus rapidement que dans le reste de la galaxie.

Lorsqu'une nouvelle race d'extra-terrestres découvre les talents de chanteur du docteur, ce dernier devient une véritable star sur leur planète. Il envisage alors de démissionner afin de se consacrer pleinement à ses millions de fans.

Les membres de l'équipage vivent une expérience étrange : ils se remémorent une bataille contre un ennemi qu'ils n'ont jamais rencontré.

Seven est contrainte de prendre part à un combat à mort pour que Tuvok, blessé lors du crash de la navette, reçoive les soins nécessaires à sa survie.

Chakotay, Harry Kim, Neelix et Tom Paris sont kidnappés par de jeunes drones Borgs rejetés par le Collectif car ils ne respectent pas les «normes» borgs.

Les personnages de la ville-hologramme irlandaise créée par Tom attribuent à l'équipage des pouvoirs divins lorsqu'ils les voient utiliser la technologie futuriste de la Fédération.

L'enseigne Lindsay Ballard revient à bord du Voyager alors qu'elle a été tuée quelques mois auparavant au cours d'une mission. Les kobalis, une race d'extra-terrestres dont le seul moyen de se reproduire est de ressusciter les morts, l'ont ramenée à la vie et en ont fait une des leurs.

Les parents d'Icheb, une jeune Borg, viennent réclamer leur fils à bord du Voyager. Seven of Nine découvrent qu'ils ont l'intention de se servir de lui pour se venger des Borgs, dut-il en mourir...

Le capitaine Janeway emmène trois membres d'équipages, dont les résultats ont été désastreux aux dernières évaluations, en mission à bord du Delta Flyer afin de les remettre à niveau. Une collision avec une comète les met dans une situation périlleuse.

Des escrocs se font passer pour le capitaine Janeway et de son équipage. Ces derniers doivent impérativement les retrouver sous peine d'être accusés de leurs crimes à leur place.

Un poète extra-terrestre découvre B'Elanna Torres inconsciente après le crash du Delta Flyer. Avant de la laisser partir, il décide d'en faire sa muse afin de regagner les faveurs de son seigneur de guerre.

Kes revient à bord du Voyager, en colère contre le Capitaine Janeway qu'elle estime responsable de ses échecs passés. Pour se venger, elle utilise ses pouvoirs pour voyager dans le temps et livrer ainsi l'équipage aux Viidiens.

Le Voyager reçoit de très mauvaises nouvelles : le professeur Lewis Zimmerman, le créateur du docteur, est gravement malade. Pour sauver la vie de son «père», ce dernier est envoyé dans le Quadrant Alpha.

Alors que le Voyager rencontre des problèmes techniques. Neelix distrait les enfants Borgs en leur racontant ce qui est arrivé à l'équipage quelques mois auparavant avec le fantôme du pont 12.

Seven of Nine est conduite dans une zone appelée «Unimatrix zero», où les Borgs existent en tant qu'individus à part entière. Cependant, cet espace ne leur est accessible qu'au cours de leur régénération.